Eu pessoalmente, não gosto do padrão NetBeansProjects, gosto de deixar meus projetos organizados de outra forma, só que o que me irrita, é toda hora o NetBeans criar esta pasta no meu diretório home, então, se você também se irrita, fica a dica para evitar isso:

Adicione a variável projectsFolder ao arquivo projectui.properties informando o diretorio que você deseja ser padrão dos seus projetos, ficando assim: projectsFolder=/Users/mrprompt/Sites

A localização do arquivo pode variar para cada SO: Mac: _~/Library/Application\ Support/NetBeans/7.3/config/Preferences/org/netbeans/modules/_ Windows: _c:\Users\user\AppData\Roaming\NetBeans\7.3\config\Preferences\org\netbeans\modules_ Linux: _$HOME/.netbeans/$VERSION/config/Preferences/org/netbeans/modules_ _ _Dica rápida, só pq achei sem querer na net ;)